Características físicas del enlace Serie y Configuraciones

Una simple conexión serie de PCI-Express consta de una conexión dual utilizando dos pares de señales diferencialmente dirigidas y de baja tensión - un par de recepción y otro de envío (cuatro cables). Una señal diferencial se deriva usando la diferencia de potencial entre dos conductores.
La conexión dual permite que los datos sean transferidos en ambas direcciones simultáneamente, similar a las conexiones full duplex (como en los teléfonos), solo que en este caso, cada par de hilos posee su propia toma de tierra. Con el bus PCI, un dispositivo debe requerir primero acceso al bus PCI compartido desde un árbitro central, y entonces tomar control del bus para transferir datos al dispositivo de destino, con la transmisión de datos ocurriendo en una dirección entre dos dispositivos en cada instante de tiempo.

Un flujo de datos/reloj serie puede ser transferido sobre distancias mucho mayores que usando buses paralelo con los relojes separados (los buses paralelo con los relojes síncronos pueden sufrir problemas de recuperación y de ruidos en la señal). Además, los enlaces en serie son más baratos de implementar, lo cual es un buen presagio para conectar dispositivos de Entrada/Salida internamente, y también para conexiones largas externas. Sin embargo, extraer y crear los relojes de manera que vayan como hemos expuesto conlleva un sobrecarga adicional de procesamiento, por tanto, las interfaces paralelas tienden más a ser usadas para unir procesadores de alta velocidad y componentes de chipset en un sistema multiprocesador actual, ya que poseen una latencia menor.